Naturwissenschaftliche Sammlungen
Das Bürgermeister Friedrich Müller- Museum war ursprünglich mit der Sammlung seines Museumsgründers Friedrich Müller identisch. Seine Sammlung wurde im Laufe der Zeit im Sinne des Vertrags zwischen Friedrich Müller und der Gemeinde Solnhofen mit neuen Ausstellungsexponaten ergänzt. Zusammengenommen bildet dieser Fundus die naturwissenschaftliche Hauptsammlung des Museums (internationales Kürzel: BMMS für Bürgermeister-Müller-Museum Solnhofen). Bedingt durch eine Zusammenarbeit mit der Wissenschaft seit dem Jahre 1998 sind weitere Kollektionen hinzugekommen, die auch den Dokumentationscharakter der Solnhofener Naturwissenschaftlichen Sammlungen betonen. Unter dem internationalen Kürzel BSPG München sind Exponate gelistet, die im Eigentum der Bayerischen Staatssammlung für Paläontologie und Geologie München stehen. Weitere Sammlungen sind projektgebunden. Darunter fallen die Sammlung des Projektes Carlos (mediterrane Mollusken vom Neogen bis heute) und die haptische Sammlung des Projekts „GeoLex2020“ (Fossilien der Lehrsammlung Arnold Seubert mit Ergänzungen). Eine weitere Spezialsammlung ist auf die lokale Identität der „Solnhofener Welt in Stein“ ausgerichtet. Zu den naturwissenschaftlichen Sammlungen gehören auch die Schmetterlinge des Museumsgründers Friedrich Müller. Die verschiedenen Sammlungen des Museums dienen der Ausstellung, Forschung und Pädagogik.
Kunstsammlungen
Darüber hinaus verfügt das Museum auch über Kunstsammlungen und alte Gerätschaften aus dem Steinbrecherhandwerk. Sie stammen aus der neueren Geschichte des Museums nach Friedrich Müller (internationales Kürzel GDMS für Gemeinde Museum Solnhofen). Bei den Kunstsammlungen überwiegen Originalgraphiken in Form von Lithographien. Die Arbeiten des Gernsheimer Künstlers Mario Derra enthält die weltgrößte Lithographie. Die wohl bedeutendste Sammlung ist der Nachlass des Berliner Malerpoeten Hans-Joachim Zeidler. Eine Kollektion von Kinderlithographien stammt aus der hausinternen Lithographiewerkstatt.
